ระบบนี้รวมอวัยวะต่างๆ ที่เกี่ยววกับการรับอาหาร การย่อยและการดูดซึมอาหาร และการขับถ่ายกากอาหารที่ไม่ย่อย ยาวตั้งแต่ปากถึงทวารหนักประมาณ ๙ เมตร อวัยวะต่างๆ เรียงตามลำดับคือ ปาก คอหอย หลอดอาหาร กระเพาะอาหาร ลำไส้เล็ก ลำไส้ใหญ่ และทวารหนัก นอกจากนั้นยังรวมต่อมต่างๆ ซึ่งเปิดเข้าสู่ปาก ได้แก่ ต่อมน้ำลาย และเปิดเข้าสู่ลำไส้เล็ก ได้แก่ ตับและตับอ่อน ต่อมต่างๆ เหล่านี้ช่วยในการย่อยอาหาร ส่วนปากและคอหอย ยังใช้สำหรับการหายใจอีกด้วย
ลักษณะเฉพาะพิเศษของปากของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมก็คือ ริมฝีปากและแก้ม เคลื่อนไหวได้ เพื่อเป็นปากที่ดูดได้ ปากเป็นส่วนต้นของระบบการย่อยอาหาร ซึ่งเกี่ยวข้องกับการย่อย โดยการเคี้ยวให้อาหารมีขนาดเล็กลง การรับรู้รส และการหลั่งน้ำลาย นอกจากนั้น ในคนยังใช้ในการพูดคุยด้วย
ปากแบ่งได้เป็น ๒ ส่วน คือ
๑. ช่องกระพุ้งปาก หรือกระพุ้งแก้ม เป็นช่องระหว่างแก้มและริมฝีปากทางด้านนอก กับฟันและเหงือก ทางด้านในมีท่อน้ำลายพาโรติดมาเปิดสู่กระพุ้งแก้ตรงระดับฟังกรามบนซี่ที่สอง
๒. ช่องปากแท้ อยู่ลึกกว่าฟันและเหงือก ต่อกับคอหอยส่วนปาก
ภาษาชาวบ้านหมายถึง ขอบปากสีแดงเท่านั้น แต่ทางกายวิภาคศาสตร์หมายถึง บริเวณตั้งแต่ผิวหนังถึงเยื่อเมือกด้านในที่ต่อกับเหงือก และปากสีแดงเป็นส่วนหนึ่งของริมฝีปากเท่านั้น ภายในริมฝีปากประกอบด้วยกล้ามเนื้อลาย ด้านนอกเป็นผิวหนัง ด้านในเป็นเยื่อเมือก และขอบปากสีแดง ริมฝีปากจึงเคลื่อนไหวได้
มีลักษณะเช่นเดียวกับริมฝีปาก ประกอบด้วยกล้ามเนื้อลาย ด้านนอกเป็นผิวหนัง ด้านในเป็นเยื่อเมือกบุจนถึงบริเวณเหงือก การเคลื่อนไหวของริมฝีปากและแก้ม จำเป็นสำหรับการเคี้ยว เพื่อบังคับให้อาหารในกระพุ้งแก้มไปอยู่ระหว่างฟัน
ในผู้ใหญ่มีฟันถาวร ๓๒ ซี่ ฟันบนข้างละ ๘ ซี่ และฟันล่างข้างละ ๘ ซี่ แต่ละข้างมีฟันตัดข้างละ ๒ ซี่ ฟันเขี้ยว ๑ ซี่ ฟันหน้ากราม ๒ ซี่ และฟันกราม ๓ ซี่ เรียงตามลำดับจากหน้าไปหลัง ในทารก มีฟันน้ำนม ๒๐ ซี่ ฟันบนข้างละ ๕ ซี่ ฟันล่างข้างละ ๕ ซี่ แต่ละข้างมีฟันตัด ๒ ซี่ ฟันเขี้ยว ๑ ซี่ และฟันกราม ๒ ซี่ ในปากของเด็กแรกเกิดไม่มีฟัน เมื่ออายุ ๖ เดือน จึงจะมีฟันน้ำนมซี่แรกงอกขึ้นมาให้เห็น และปลายปีที่สอง ฟันน้ำนมจึงขึ้นครบทุกซี่ เมื่ออายุ ๖ ปี มีฟันถาวรอันแรกปรากฎขึ้นคือ ฟันกรามซี่ที่ ๑ แล้วต่อไปฟันน้ำนมทั้ง ๑๐ ซี่จะค่อยๆ หลุดไป และมีฟันถาวรงอกขึ้นมาแทนที่ทีละซี่ ฟันของขากรรไกรล่างงอกก่อนฟันของขากรรไกรบน ฟันถาวรทั้งหมดจะงอกหมดในปลายปีที่ ๑๒ หรือ ๑๓ ยกเว้นฟันกรามซี่สุดท้าย ซึ่งมักจะงอกขึ้นระหว่างอายุ ๑๘-๒๔ ปี บางทีจึงเรียกว่า ฟันฉลาด
มีขอบเขตดังนี้ ด้านบน เป็นเพดานปาก ซึ่งประกอบด้วย ๒ ส่วน คือ เพดานแข็ง อยู่ที่ส่วนหน้า ๒/๓ โดยมีกระดูกเป็นแกนภายใน เพดานอ่อนอยู่ที่ส่วนหลัง ๑/๓ โดยมีพังผืดขาว และกล้ามเนื้อลายอยู่ภายใน ตรงปลายสุดของเพดานอ่อนเป็นติ่ง เรียกว่า ลิ้นไก่ (uvula) จากลิ้นไก่มีรอยนูนของเยื่อเมือก มายังขอบข้างของลิ้น รอยนูนนี้ถือว่า เป็นแนวแบ่งระหว่างช่องปากแท้ กับคอหอย ด้านล่างของช่องปากเป็นลิ้น และใต้ลิ้นเป็นกล้ามเนื้อที่ประกอบเป็นพื้นของปาก
ประกอบด้วยกล้ามเนื้อลายเป็นส่วนใหญ่ ซึ่งมีเยื่อเมือกคลุมด้านบน และด้านข้างของกล้ามเนื้อ เยื่อเมือกที่คลุมด้านบนของลิ้นไม่เรียบ ยื่นขึ้นมา เป็นปุ่มแหลม ปุ่มรูปดอกเห็ดแต่ละปุ่ม มีร่องซึ่งมีเซลล์รับรสอยู่โดยรอบ ลิ้นมีหน้าที่เกี่ยวข้องกับการเคี้ยว การกลืน และการรับรส ในคนยังใช้พูดด้วย
มีต่อมใหญ่ ๓ ต่อม คือ
๑. ต่อมน้ำลายพาโรติด (parotid) เป็นต่อมน้ำลายที่ใหญ่ที่สุด อยู่ ที่ด้านข้างของใบหน้าระหว่างหูกับคางมีท่อไปเปิดสู่กระพุ้งแก้ม
๒. ต่อมน้ำลายใต้คาง ขนาดเล็กกว่า อยู่ใต้กระดูกคางทั้งสองข้าง มีท่อไปเปิดสู่ช่องปากแท้ตรงระหว่างใต้ปลายลิ้นกับพื้นปาก
๓. ต่อมน้ำลายใต้ลิ้น ขนาดเล็กที่สุด อยู่ใต้เยื่อเมือกของปาก ที่สองข้างลิ้น มีท่อเล็กๆ หลายท่อเปิดสู่ช่องปากแท้
อยู่หน้ากระดูกสันหลังส่วนคนอันที่ ๑ ถึง ๖ นับตั้งแต่ฐานกะโหลกศีรษะ ถึงด้านหน้าของกระดูกสันหลังส่วนคนอันที่ ๖ โป่ง คล้ายรูปกรวยยาว ๑๓ เซนติเมตร ส่วนบนกว้าง ๓.๕ เซนติเมตร ส่วนล่างแคบ ๑.๕ เซนติเมตร ซึ่งไปต่อกับหลอดอาหาร
ผนังประกอบด้วยกล้ามเนื้อลาย ด้านในบุด้วยเยื่อเมือกทางข้างหน้า ติดต่อกับโพรงจมูก ช่องปาก และกล่องเสียงจากบนลงล่างตามลำดับ จึงแบ่ง ได้เป็น ๓ ส่วน
๑. คอหอยส่วนจมูก อยู่หลังโพรงจมูก เป็นทางผ่านของลมหายใจ
๒. คอหอยส่วนปาก อยู่หลังช่องปาก ต่ำกว่าเพดานอ่อน ที่ด้านข้างของคอหอยส่วนนี้ มีต่อมทอนซิล (tonsil) อยู่ ซึ่งมักได้รับเชื้อจุลินทรีย์ จึงอักเสบได้ง่าย คอหอยส่วนนี้ เป็นทางผ่านทั้งอากาศหายใจ และทางผ่านของอาหาร
๓. คอหอยส่วนกล่องเสียง อยู่รอบๆ และหลังกล่องเสียงทั้งหมด เป็นส่วนที่ยาวที่สุด และแคบลงเรื่อยๆ จนต่อกับหลอดอาหาร เป็นทางผ่านของอาหารสู่หลอดอาหาร และเป็นทางผ่านของลมหายใจสู่กล่องเสียง
หลอดอาหารยาว ๒๓-๒๕ เซนติเมตร ต่อจากคอหอยผ่านคอ ทรวง อก แล้วทะลุบังลม ไปเปิดสู่กระเพาะอาหารทอดอยู่ในแนวกลางของลำตัว อยู่ด้านหน้ากระดูกสันหลัง
ผนังของหลอดอาหารส่วนใหญ่เป็นกล้ามเนื้อ ส่วนบน ๑ ใน ๓ เป็นกล้ามเนื้อลายอย่างเดียว ส่วนกลาง ๑ ใน ๓ เป็นกล้ามเนื้อลายปน กับกล้ามเนื้อเรียบ และส่วนล่างอีก ๑ ใน ๓ เป็นกล้ามเนื้อเรียบอย่างเดียว
อยู่ระหว่างปลายของหลอดอาหารกับส่วนต้นของลำไส้เล็ก เป็นที่รับอาหาร และหลั่งน้ำย่อยอาหาร ซึ่งจะมีปฎิกิริยากับอาหารทำให้อาหารเป็นของเหลวเหนียวๆ แล้วส่งของเหลวเหนียวๆ นี้ไปยังลำไส้เล็ก
กระเพาะอาหารอยู่ในส่วนบนของช่องท้อง เหนือระดับสะดือ ปลายบนกว้าง ปลายล่างเรียวแคบทอดลงล่างไปทางขวา ซึ่งปลายสุดมีกล้ามเนื้อหูรูดหนา รูปร่าง และตำแหน่งของกระเพาะอาหารแตกต่างกันในบุคคลต่างๆ เช่น คนอ้วน คนผอม แม้ในคนเดียวกันก็ยังแตกต่างกันในภาวะต่างๆ เช่น มีอาหารในกระเพาะอาหารมากหรือน้อย ขนาดและตำแหน่งของอวัยวะใกล้เคียง แม้ในท่ายืน และท่านอนก็ทำให้รูปร่าง และตำแหน่งของกระเพาะอาหารเปลี่ยนแปลงไป เยื่อเมือกของกระเพาะอาหารมีต่อมสร้างกรดเกลืออ่อนๆ และน้ำ ย่อยอาหารประเภทโปรตีน
แบ่งได้เป็น ๓ ส่วน คือ ดูโอดีนัม (duodenum) เจจูนัม (jejunum) และอิเลอัม (ileum)
ดูโอดีนัม ยาวประมาณ ๒๒.๕ เซนติเมตร เป็นส่วน ต้น และกว้างที่สุดของลำไส้เล็ก กว้าง ๔-๕ เซนติเมตร ยกเว้น ๒.๕ เซนติเมตรแรก ดูโอดีนัมอยู่ชิดกับผนังหลังของ ช่องท้อง และอยู่นอกเยื่อบุช่องท้อง ดูโอดีนัมประกอบเป็น รูปโค้งอยู่หน้ากระดูกสันหลังส่วนเอวอันที่ ๑, ๒ และ ๓ ส่วนแรกต่อจากกระเพาะอาหารยาว ๒.๕ เซนติเมตร ทอดไปทางหลัง ส่วนที่ ๒ ทอดลงล่าง ทางขอบขวาของกระดูก สันหลังส่วนเอวอันที่ ๑, ๒, ๓ ส่วนที่ ๓ ทอดข้ามกระดูกสันหลัง ส่วนเอวอันที่ ๓ ไปทางซ้าย ต่อไปส่วนที่ ๔ ทอดขึ้นบนไปต่อ กับลำไส้ส่วนเจจูนัม มีท่อน้ำดีจากตับ และท่อของตับอ่อนมา เปิดสู่ดูโอดีนัมส่วนที่ ๒
เจจูนัมและอิเลอัม ส่วนต้น ๒/๓ เรียก เจจูนัม และ ส่วนปลาย ๑/๓ เรียกว่า อิเลอัม ความยาวทั้งหมดประมาณ ๖ เมตร แต่อาจแตกต่างกันในแต่ละบุคคลตั้งแต่ ๔.๕ ถึง ๙ เมตร เจจูนัมกว้าง ๓ เซนติเมตร และค่อยๆ แคบลงเป็น ๒ เซนติเมตร ที่อิเลอัม ทั้งสองส่วนนี้มีเยื่อบุช่องท้อง หุ้มโดยรอบ และยึดกับผนังหลังของช่องท้อง จึงขดไปขดมา และเคลื่อนที่ได้โดยสะดวกในช่องท้อง อิเลอัมไปต่อกับลำไส้ ใหญ่ทางขวาของช่องท้องส่วนล่าง
ยาวประมาณ ๑.๕-๑.๘ เมตร ประกอบด้วยซีคัม (caecum) ไส้ติ่ง (appendix) และโคลอน (colon)
ซีคัม เป็นส่วนแรกย้อยลงมาเป็นถุงก้นตันยาว ๖ เซนติเมตร อยู่ที่ส่วนล่างของท้องข้างขวา และอยู่ต่ำกว่าระดับรอยต่อระหว่างลำไส้เล็ก และลำไส้ใหญ่
ไส้ติ่ง เป็นส่วนที่เล็กที่สุดของลำไส้ใหญ่ยาวประมาณ ๙ เซนติเมตร กว้าง ๖ มิลลิเมตร ติดกับด้านหลัง และใกล้ส่วนกลางของซีคัม ไส้ติ่งในชายยาวกว่าหญิงเล็กน้อย
โคลอน ต่อกับซีคัมที่ระดับรอยต่อระหว่างลำไส้เล็ก และลำไส้ใหญ่ ส่วนทอดขึ้นยาวประมาณ ๑๒-๒๐ เซนติเมตร ทอดขึ้นบนชิดกับผนังหลังข้างขวาของช่องท้องจนถึงด้านล่างของตับ ส่วนทอดขวางยาว ๕-๑๐ เซนติเมตร จะโค้งมาทางด้านหน้าไปทางซ้าย ไปจนถึงด้านล่างของม้าม และส่วนทอดลงยาว ๒๕ เซนติเมตร ทอดลงล่างชิดกับผนังหลังข้างซ้ายของท้อง จนถึงขอบของช่องเชิงกราน จากนี้ก็เรียกว่า ส่วนเชิงกราน ยาว ๔๐ เซนติเมตร ทอดไปสู่แนวกลางไปต่อกับทวารหนักที่ระดับกระดูกสันหลังส่วนเชิงกรานอันที่ ๓
ต่อจากโคลอนส่วนเชิงกรานในแนวกลางลำตัว ทอดลงล่างตามความโค้งของกระดูกสันหลังส่วนเชิงกราน และกระดูกก้นกบ ไปหมดที่ ๓.๕ เซนติเมตร ต่ำกว่าปลายกระดูกก้นกบ
เป็นช่องแคบๆ ยาว ๒.๕-๓.๕ เซนติเมตร ต่อจากลำไส้ตรงทอดเฉียงลงล่างไปทางหลังไปหมดที่รูทวารหนัก ช่องทวารหนักมีหูรูดซึ่งประกอบด้วยกล้ามเนื้อเรียบ และหูรูด ซึ่งประกอบด้วยกล้ามเนื้อลาย ซึ่งทำหน้าที่ปิดกักกากอาหารไว้ เมื่อต้องการขับถ่ายกากอาหารหูรูดเหล่านี้ก็จะหย่อนยอมให้กากอาหารผ่านออกไปได้
เป็นต่อมสำหรับการย่อยอาหาร เนื่องจากหลั่งน้ำดีไปสู่ดูโอดีนัม เพื่อย่อยอาหารประเภทไขมัน ตับเป็นอวัยวะภายในที่ใหญ่ที่สุด และหนักที่สุด อยู่ในส่วนบนของช่องท้องชิดกับกะบังลม และกระดูกซี่โครง ส่วนใหญ่อยู่ทางขวา ส่วนน้อยอยู่ตรงกลาง และยื่นไปทางซ้ายเล็กน้อย ตับของทารกในครรภ์หนักประมาณ ๑ ใน ๘ ของน้ำหนักตัว ในผู้ใหญ่ตับหนักประมาณ ๑ ใน ๓๖ ของน้ำหนักตัว
ในขณะมีชีวิต ตับมีสีน้ำตาลแกมแดง นุ่มและฉีกขาดง่าย ตับมีรูปร่างคล้ายลิ่มขนาดใหญ่ แต่ด้านบน ด้านหน้า และด้านหลัง กลมมน ส่วนใหญ่ของตับอยู่ทางขวา วัดจากหน้าไปหลังยาว ๑๒.๕ เซนติเมตร และจะลดเหลือครึ่งเดียวในกลางตัว
เลือดจากกระเพาะอาหาร ลำไส้เล็ก และลำไส้ใหญ่ ซึ่งนำอาหารที่ย่อยแล้วมาสู่ตับ โดยทางหลอดเลือดดำปอร์ตัล และมีหลอดเลือดแดงซึ่งนำเลือดที่มีออกซิเจนมาสู่ตับด้วย หลอดเลือดดำเและแดงทั้งสองนี้แตกแขนงภายในตับจนถึงระดับ เลือดฝอย จากหลอดเลือดฝอยเหล่านี้รวบรวมเป็นหลอดเลือดดำ ออกจากตับไปสู่หัวใจได้ เลือดดำนำอาหารที่ย่อยแล้วสู่ตับ ตับมีหน้าที่ทำลายพิษ บางอย่างที่มากับอาหาร เปลี่ยนน้ำตาลกลูโคสเป็นไกลโคเจน และเปลี่ยนไกลโคเจนเป็นกลูโคสสู่กระแสโลหิตได้ดีด้วย ตับยังมีหน้าที่สร้างและหลั่งน้ำดี ออกไปทางท่อตับ (hepatic duct) ตลอดเวลา แต่ปกติน้ำดีจะเข้าสู่ดูโอดีนัมใน ขณะที่มีการย่อยอาหารเท่านั้น น้ำดีจึงถูกนำไปเก็บไว้ที่ถุงน้ำดี ซึ่งมีหน้าที่ดูดน้ำจากน้ำดีไปบ้างก่อน และมีการหลั่งน้ำเมือก ออกมาผสมกับน้ำดี จึงทำให้น้ำดีข้นขึ้น
อยู่ชิดกับด้านล่างของตับ ยาว ๗.๕ เซนติเมตร และกว้าง ๒.๕-๓ เซนติเมตร จุได้ ๓๐-๔๕ มิลลิลิตร รูปร่างคล้ายผลชมพู่ ปลายกว้าง แล้วเรียวเล็กลงเป็นท่อน้ำดี ท่อจากถุงน้ำดีไปต่อกับท่อตับเป็นท่อน้ำดีทอดลงล่างไปเปิดเข้าดูโอดีนัมส่วนที่สอง ท่อน้ำดีมีหูรูดที่ปลายของมัน และจะเปิด เมื่อมีการย่อยอาหารเท่านั้น
เป็นต่อมสำหรับการย่อยเช่นเดียวกับตับ มีหน้าที่หลั่งน้ำย่อยไปสู่ดูโอดีนัม โดยทางท่อตับอ่อนและยังมีกลุ่มเซลล์ หลั่งอินซูลิน (insulin) เข้าสู่กระแสโลหิตโดยตรง จึงเป็นต่อมไร้ท่อด้วย คนขณะมีชีวิต มีตับอ่อนสีเหลือง นุ่ม รูปร่างคล้ายตัวลูกน้ำ ยาวประมาณ ๑๒.๕-๑๕ เซนติเมตร ส่วนหัวอยู่ในโค้งของดูโอดีนัม ส่วนตัวทอดขวางไปทางซ้ายชิดกับผนังหลังของท้อง และส่วนหางไปชิดกับม้าม